Od początków swego istnienia zapłodnienie in vitro budzi wiele kontrowersji. Przede wszystkim stało się przedmiotem krytyki ze strony Kościoła, który uważa je za niedopuszczalne moralnie i niszczące intymne relacje małżeńskie. Inni uważają in vitro za selektywne morderstwo, ponieważ, według nich, niewykorzystane zarodki są zabijane. Niektórzy etycy z kolei wskazują jako problem uprzedmiotowienie zarodków oraz zagrożenie wprowadzania metod eugenicznych. Obawiają się, iż w klinikach leczenia niepłodności będzie się wybierało zarodki, z których można uzyskać potomstwo pozbawione wad. Ponadto wciąż krążą opinie, iż zapłodnienie in vitro nie jest bezpieczne dla samych zarodków, ponieważ podnosi ryzyko zapadnięcia dzieci na różnego rodzaju choroby. Eksperci oczywiście stanowczo dementują te pogłoski, przytaczając na dowód statystyki, z których wynika, że ryzyko komplikacji jest takie samo, jak w przypadku naturalnego zapłodnienia. Bez względu na wynik tego typu dyskusji, stosowanie in vitro jest faktem, podobnie jak stopniowy wzrost zainteresowania tym rozwiązaniem wśród par cierpiących na niepłodność.